В разговорах с поддержкой рождается истина.
Я: Не понимаю как посмотреть сколько места у меня занято на сервере?
Поддержка: Самый точный способ — выполнить в консоли команду df -h и du hs /*
В панели ISPmanager к сожалению, нет полноценного функционала для определения места.